Niezwykła gauna, która pojawiła się w końcówce pierwszego odcinka, okazuje się być Chimerą stworzoną przez Kunato (a właściwie Ochiai’a). Rzecz jasna zaprzęgnięta zostaje od razu do roboty, pomagając Nagate i spółce w pokonaniu prawdziwej gauny, z którą walczyli. Po udanej bitwie przedstawiona zostaje społeczności Sidonii, w której to wywołuje wielkie zamieszanie.
Jednakże Sidonia to żywy organizm, działający na wielu płaszczyznach. Oprócz sprawy z chimerą, za sceną dochodzi do walki o władzę, a także obrany zostaje dalszy kierunek podróży i działań. Kobayashi za cel obiera system planetarny Lem, a dokładniej dziewiątą planetę tegoż układu, gdzie odbędzie się walka z grupą gaun, która zagraża kolonizatorom z siódmej planety tego układu.
Honoka En odzyskała świadomość, więc Nagate pospieszył z wizytą i trafił w ciut nieodpowiednim momencie, co boleśnie się dla niego zakończyło. W strefie technologicznej trwa za to walka z czasem, żeby zdążyć z wprowadzeniem modyfikacji maszyn pilotów z użyciem nowego materiału, którego metodą produkcji udało im się opanować. Niestety, testy, treningi i inne zajęcia pilotów zostają przerwane przez kolejną wrogą gaunę, która staje na drodze Sidonii. Walka rozpoczyna się od nowa i nie obejdzie się bez strat w ludziach.
Cóż można więcej dodać? Dzieje się. Po raz kolejny przedstawiony zostaje widzom fascynujący świat , więc trudno oderwać się od ekranu, a jeszcze boleśniejsze jest oczekiwanie na kolejne odcinki. Wszyscy, którzy Sidonię lubią, na pewno zawiedzeni nie będą. To naprawdę kawał porządnego sci-fi, którego nie trzeba dłużej reklamować ani polecać.