Sidonia powraca w wielkim stylu. Już od pierwszego odcinka zostajemy wrzuceni w wir wydarzeń na wszystkich frontach.
Podczas gdy Nagate Tanikaze zyskuje miano idola nowych adeptów pilotów, a po treningach w rozmaity sposób spędza czas z Izaną Shinatose, na statku dzieją się rzeczy, które zmienią bieg wydarzeń.
Norio Kunato otwiera zakazane laboratorium, niegdyś należące do doktora Ochiai, po którym ślad zaginął ze względu na niewygodne eksperymenty i dokonania. Los jednak chce, że jeden z jego eksperymentów przynosi właśnie owoce, a sam zaginiony przejmuje ciało Norio i po latach odzyskuje możliwość działania. Osobnik nie próżnuje i mimo swojego dość podłego charakteru, zaczyna pracę nad nową bronią przeciwko Gaunom.
Oprawa wizualna nie różni się niczym od tej z poprzedniego sezonu. Zmieniła się za to muzyka, która po raz kolejny świetnie pasuje do animacji.
Seria obowiązkowa dla wszystkich fanów pierwszego sezonu. Już pierwszy odcinek zapowiada wartką akcję, wielowątkową fabułę i niespodziewane zwroty akcji. Będzie się działo!